İddianamede, Eylem 88'e ilişkin iddialar sadece teknik bilirkişi raporuna değil, aynı zamanda geniş bir delil yelpazesine dayandırılmaktadır. Bu deliller arasında Vergi Dairesi ve MASAK tarafından hazırlanan mali analiz raporları, şüpheliler ve tanıklar arasındaki iletişimi gösterdiği iddia edilen HTS-Baz verileri, kolluk tarafından yapılan araştırmalara ilişkin tutanaklar ve çok sayıda tanık ile şüphelinin ifadeleri bulunmaktadır. Savcılık, bu delillerin bir bütün olarak, iddia edilen suç örgütünün çalışma yöntemini ve bu eylemdeki kastını ortaya koyduğunu ileri sürmektedir. İfadeler, iddianamenin bu bölümünde önemli bir yer tutmaktadır. Şüpheliler Umut Şenol, Eyüp Subaşı, Murat Kapki ve Gökhan Köseoğlu ile tanıklar Ahmet Taşçı, Ekrem Reşat Tüzün gibi isimlerin beyanlarına geniş yer verilmiştir. İddiaya göre bu beyanlar, İBB ve iştiraklerindeki ihalelerin, Ekrem İmamoğlu'nun bilgisi ve onayıyla, Murat Ongun tarafından yönetilen ve "SİSTEM" olarak adlandırılan bir yapı aracılığıyla nasıl organize edildiğini anlatmaktadır. Bu anlatımlara göre, ihaleleri alacak firmalar ve yan teklif verecek paravan firmalar önceden belirlenmekte, bu organizasyonu sahada resmi bir görevi olmayan Emrah Bağdatlı ve Güldem Şık gibi isimler yürütmektedir. İhaleyi alan firmaların, yapmadıkları işler için sahte faturalar düzenleyerek veya maliyetleri şişirerek haksız kazanç elde ettiği ve bu paranın bir kısmının tekrar "SİSTEM"e aktarıldığı iddia edilmektedir. Savcılık, bu genel beyanları, 2021/35251 kayıt numaralı ihalenin de bu sistematik usulsüzlüğün bir parçası olduğunu göstermek için kullanmaktadır. İddianameye göre, tanık ve şüphelilerin ifadeleri, bilirkişi raporunda tespit edilen teknik usulsüzlüklerin (işlerin birleştirilmesi, kısmi teklife kapatılması, sonradan usulsüzce bölünmesi vb.) tesadüfi hatalar olmadığını, aksine suç örgütünün maddi menfaat elde etme amacına hizmet eden kasıtlı ve hileli eylemler olduğunu kanıtlar niteliktedir. Bu deliller, eylemin sadece bir ihaleye fesat karıştırma suçu değil, aynı zamanda kamu kaynaklarını dolandırmaya yönelik organize bir faaliyetin parçası olduğu tezini desteklemek için sunulmaktadır.