İddianameye göre, Sayıştay Başkanlığı Denetim Bölüm Başkanlığı-3 ve Denetim Grubu-15'in 26.02.2025 tarihli yazısı ile başlatılan ve 11.03.2025 tarihli kararla Cumhuriyet Başsavcılığı'na suç duyurusuna dönüştürülen rapor, soruşturmanın ana dayanağını teşkil etmektedir. Raporda, Kültür A.Ş.'nin 2024 yılı hesaplarının incelenmesi sırasında Dijital Deneyim Müzesi projesinde ciddi usulsüzlükler tespit edildiği belirtilmektedir. Rapora göre en temel usulsüzlük, projenin hukuki niteliğinin yanlış vasıflandırılmasıdır. Bilirkişi raporuyla da teyit edildiği üzere, müze inşaatı bir "yapım işi"dir ve 4734 sayılı Kamu İhale Kanunu'na göre açık ihale ile yapılması gerekmektedir. Ancak iddianameye göre Kültür A.Ş. Yönetim Kurulu, 08.01.2024 tarihli ve 2024/7 sayılı kararıyla bu zorunluluğu aşmak için projeyi, kanunun 3/g istisna hükmü kapsamında ihalesiz olarak gerçekleştirilecek mal alımları ve ciro paylaşımına dayalı bir hizmet alımı sözleşmesi olarak ikiye ayırmıştır. Bu durumun, kanunun şeffaflık, rekabet ve eşit muamele gibi temel ilkelerine aykırı olduğu vurgulanmaktadır. Sayıştay raporunda, bu yöntemle yapılan üç büyük mal alımında fahiş fiyatlandırma yoluyla kamu zararına neden olunduğu iddia edilmektedir. İlk olarak, çelik konstrüksiyon ve inşaat malzemeleri için Uğursa Yapı İnşaat Ltd. Şti.'ye KDV hariç 55.4 milyon TL ödenmiş, ancak bilirkişi incelemesinde bu malzemelerin gerçek piyasa değerinin yaklaşık 30 milyon TL olduğu, dolayısıyla 25.499.072,10 TL'lik bir fark bulunduğu tespit edilmiştir. İkinci olarak, elektronik endüstriyel ekranlar için Erdoğan Sinemacılık'a 57 milyon TL ödenmiş, ancak bilirkişi bu malzemelerin değerini 12.2 milyon TL olarak hesaplayarak 44.752.884,67 TL'lik bir kamu zararı belirlemiştir. Üçüncü olarak, müze elektronik sistemleri için TTL Teknoloji'ye 47.2 milyon TL ödenmiş, bilirkişi ise gerçek değeri 31.3 milyon TL olarak tespit ederek 15.907.998,77 TL'lik bir fark bulmuştur. İddianameye göre bu üç kalemdeki toplam kamu zararı 86.159.955,54 TL'dir. Raporda ayrıca, inşaat malzemeleri için düzenlenen faturalardaki miktarların, müzenin mimari projesinde gereksinim duyulan miktarlardan ciddi ölçüde fazla olduğu belirtilmektedir. Bu durumun, ya malzemelerin bir kısmının hiç teslim edilmediği ya da başka yerlerde kullanıldığı halde müze projesine fatura edildiği şüphesini doğurduğu ifade edilmektedir. Ayrıca, X-Ray cihazı gibi bir alımın doğrudan temin sürecine ilişkin evraklarının, fatura tarihinden sonra düzenlendiği, yani alımın piyasa araştırması yapılmadan gerçekleştirildiği ve evrakların sonradan usule uydurulduğu tespitine yer verilmiştir.